Через нем. Enzyklopädie -- то же от книжного лат. encyclopaedīa из греч. ἐγκυκλοπαιδεία, первонач. ἐγκύκλιος παιδεία "обучение по всему кругу наук". В результате сближения с клоп возникло шутливое словоупотребление энциклопе́дия "нашествие клопов" (Чехов).